Dentro de lo que son “Las Comisiones Nacionales Permanentes” de la Iglesia Alianza Cristiana y Misionera de Chile, está “El Consejo Judicial”. Esta es una instancia jurisdiccional cuya autoridad, deberes, principios y procedimientos emanan: De las Escrituras, de los Estatutos Jurídicos aprobados el 29 de Mayo de 1987 por el Ministerio de Justicia de nuestro país, y del Reglamento Interno para la Administración de la Corporación Iglesia A.C.y M. vigente.

El consejo Judicial tiene las siguientes atribuciones: a) Determinar la constitucionalidad o legalidad de cualquier artículo de los Estatutos o Reglamentos, o de cualquier resolución dictada por las Juntas Generales o Ejecutiva; b) Determinar el  alcance exacto de cualquier ley o Reglamento de la Nación que pueda afectar de cualquier modo la marcha de la Corporación; c) Calificar la constitucionalidad o legalidad de cualquier resolución dictada por una Iglesia Local o por sus autoridades a petición de  la Junta Ejecutiva, o en apelación de  un sector de la Iglesia Local que fuera afectado por dicha resolución; d) Conocer las apelaciones que puedan presentar miembros de la Corporación, por sanciones establecidas por la Junta Ejecutiva o por autoridades de las Iglesias Locales; el mismo derecho es aplicable a pastores. e) Conocer informes de pastores, autoridades Iglesias Locales o Junta Ejecutiva, recomendando la expulsión de un miembro en plena comunión, lo que le llevará a una investigación sumaria; f) Intervenir en  el enjuiciamiento de pastores o miembros de la Junta Ejecutiva de nuestra corporación. Por último  decir que este Consejo  Judicial estará compuesto por cinco miembros de los cuales tres serán pastores y dos laicos. Estos deberán tener como mínimo treinta años y diez años de antigüedad ya sea como pastores o laicos.